令许多人想象不到的是，有色金属也是深受影响的大宗商品。因为有色金属大国可能面临严重的洪水或干旱，导致矿业受影响。金属采矿过程中通常需要消耗大量水资源，在印尼、菲律宾等基础设施薄弱的地区，矿业依赖于水运及水电能源供应，这些地区的矿业开采可能受到显著影响。
法国兴业银行最近发布了“厄尔尼诺大宗商品指数”，用它衡量天气现象对整个大宗商品市场的影响。该指数显示，从以往记录看，金属镍居然最有涨价潜力。自1991年以来，每逢厄尔尼诺现象发生，镍价格平均上涨13%。法兴银行大宗商品研究全球负责人Michael Haigh对此解释说，这是因为厄尔尼诺通常会使全球最大镍产国印度尼西亚出现干旱，而印尼的采矿设备依赖水电。
除了镍，厄尔尼诺大宗商品指数看好的还有铜。因为厄尔尼诺期间全球最大铜产国智利和秘鲁会大量降雨，遭遇洪水的矿区会减产。标准银行的分析师Leon Westgate认为，印尼的干旱可能会影响铜的供给，因为当地一条将铜精矿等原材料运出印度尼西亚的主干道——弗莱河(Fly River)会因干旱而水位下降。
海通证券认为，在厄尔尼诺发生时期，印度尼西亚、澳大利亚、南亚次大陆和巴西东北部均出现干旱，而从赤道中太平洋到南美西岸则多雨。从2013年智利、秘鲁、印尼、澳大利亚和巴西这几个主要的矿产国各种金属占全球比例排序分析，锂、铜、锡、银、锌和镍六个品种是核心的受影响品种。
